整机采用全栈式集成化架构，由光学、电子等多个模块化单元构成。光学模块集成激光频率稳定、激光冷却、量子态制备及单双比特门操作等功能，配置激光器、声光调制器与光纤耦合等核心器件；电子模块集成上位机、相机读出、原子重排、射频功率放大与综合测控等功能，并对微波、磁场和真空系统进行统一控制。

各机柜与功能模块之间通过实时信号处理、精准时序控制与状态反馈深度互通，协调光学系统与各功能单元协同运行，保障原子阵列制备、量子态操控与测量全过程稳定、有序执行，支撑整机长时间稳定运行。